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Molecular dynamic simulation of non-orthogonal system by lammps.

1.使用Material Studio軟體建立一個斜方晶型的晶格。下面以PCBM作為例子 :晶格大小為(27.6666,30.5760,38.4980) 角度為(80.2590,78.5570,80.4060)
   
     

存model檔時的副檔名使用car,則會產生.car 和.mdf 兩種檔案。    注意:此時系統的晶格參數和原子座標是使用 A along X axis, B in XY Plane的座標系!

(參考檔案位置: 230 server : /home/jyum/car2lmp/crystal/PCBM_CB.car,PCBM_CB.mdf and opls.frc)


2.在lammps下使用msi2lmp_new程式,將car檔轉成lammps可使用的data file
(參考路徑在:/home/jyum/msi2lmp/src/msi2lmp_new)  
(已改版,會出現描述斜方晶格tilt factor的一行如下)

data file:

<以上紅線標起來的地方就是data.file裡描述斜方的Tilt factor,詳細介紹請參考lammps官方網頁。如果是正方晶形這裡一樣會出現0 0 0(預設)。>

3.in檔部份只有一個地方要做調整:作用力計算,斜方晶形方面的kspace_style command 只能使用 ewald/n這種型式,其他如pppm計算方式lammps目前還不支援。

dump.file:

<以上紅線標起來的地方就是lammps產生的dump.file裡描述斜方的Tilt factor,如果是正方晶形這裡一樣會出現0 0 0(預設)。>

4.只要完成上述步驟就可以正常去run lammps MD simulation了,不過在跑完產生的dump.file和err.file也必須使用老師修改過的轉檔程式 "dump2trj" 才可以完整的描述晶格和原子座標變化。
   (因為MD driver內使用的座標系統是 C along Z axis, B in XY plane,所以之前原子參考lammps使用的A along X axis座標系統要再轉換 )

   (參考路徑:/home/stlin/trajectory/dump2trj_2012/dump2trj)  注意: 此版本的dump2trj已可以使用斜方與正方兩種系統(有無描述Tilt factor都可) 

5.有TRJ檔後,建議搭配最新的MD_DRIVER服用!
    (參考路徑:/home/stlin/programs/md/driver)



以下附件有詳細觀念與範例說明



最後更新:7/23/2012  by Jyum






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Jyum Tseng,
Jul 31, 2012, 12:31 AM
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